На сегодняшний Сибайский институт (филиал) УУНиТ выполняет научно-исследовательскую работу по 3 приоритетам научно-технологического развития Стратегии научно-технического развития Российской Федерации. Исследования реализуют 58 ученых (докторов и кандидатов наук), 2 заслуженных деятеля науки Республики Башкортостан, 10 соискателей ученой степени кандидата наук и 7 докторов наук. Около 60% НПР публикуются в журналах, индексируемых в наукометрических базах данных Scopus и Web of Science.

В институте функционирует четыре научные школы, в состав которых входят профессора, доценты, аспиранты, магистранты и студенты:

1) «Сибайская школа институциональных исследований в экономике (руководитель - заслуженный деятель науки Республики Башкортостан д.э.н., профессор Барлыбаев А.А.)»,

2) «Техногенное загрязнение окружающей среды предприятиями горнорудной промышленности» (руководитель - академик РАЕН, д.б.н., профессор Янтурин С.И.)»;

3) «Зауральская школа прикладной экологии (руководитель - академик Академии наук Республики Башкортостан, д.б.н., профессор Суюндуков Я.Т.)»;

4) «Теория и методика обучения (по областям и уровням образования)» (руководитель - к.т.н., д.п.н. Валеев А.С.)».

Пять докторов наук, работающих в институте, являются членами действующих диссертационных советов (диссертационный совет Уфимского университета науки и технологий по экономике - 2 человека, диссертационный совет Башкирского государственного аграрного университета по почвоведению - 3 человека.

За 35 летний период деятельности Сибайского института 130 его выпускника стали кандидатами и докторами наук, в т.ч. 124 кандидатов наук и 6 докторов наук.

Из них: успешно защитили кандидатские диссертации:

- 6 выпускников технологического факультета;

- 24 выпускников педагогического факультета;

- 37 выпускников факультета экономики и права;

- 63 выпускника естественно-математического факультета.

Стали докторами наук:

- 1 выпускник педагогического факультета (доктор философских наук, профессор);

- 2 выпускника естественно-математического факультета (оба доктора биологических наук, доценты);

- 3 выпускника факультета экономики и права (все трое доктора экономических наук, один профессор и два доцента).